Untuk mencapai visi dan misi tersebut perlu dirumuskan menjadi beberapa tujuan. Tujuan Madrasah Aliyah Al Maprah Paitana dirumuskan sebagai berikut :

1. Mampu menerapkan Islam Kaffah baik dalam lingkungan sekolah maupun dilingkungan masyarakat
2. Terbentuknya warga madrasah yang berbudi luhur
3. Terciptanya proses belajar mengajar yang berkualitas
4. Terciptanya lingkungan madrasah yang bernilai seni
5. Terjalinnya komunikasi yang aktif dengan masyarakat dan Lembaga terkait
6. Memiliki prinsip kemaslahatan umat
7. Terlaksananya sistem secara ketat dalam pelaksanaan dan bertanggungjawab